Bioinformàtica: Ciència Low Cost?

Unes 24 després que aquesta GRAN notícia saltara a tots els mitjans de comunicació, seguim digerint què significa el titular recollit i explicat a @Materia_ciencia l’espai de ciència de @ElPais … Molt poc després de ser publicat a la revista Nature.

 

Bioinformàtica: Ciència Low Cost?

Què és la supercomputadora Mare Nostrum 48,896 processadors, 3,056 nodes y 84 Xeon Phi 5110P en 42 nodes, arquitectura de comunicació per controlar i administrar el flux d’informació de centenars d’usuaris amb milers de consultes a la vetada a la mateixa informació: com comparar parts de diferents genomes repartits en centenars de discs durs a la vegada… i fer tot açò de la manera més eficaç! : això és una supercomputadora!

Fins ara pensava que la bioinformàtica era una ciència lowcost, ara, després de veure la MareNostrum… sí potser amb el que gastem els biòlegs de bata en enzims, materials de cultiu etc es podrien comprar i mantenir supercomputadores espectaculars…Es tracta de compensar anàlisi i generació de dades… no anem ara a passar tot el món a in silico!

Però es poden encomanar servidors amb unes poques desenes de milers d’euros…

El que vull dir és que potser a la bioinformàtica es pose de manifest que el balanç d’aquesta particular “I+D+I”, que és determinant moltes vegades…

“I+D+I” = ( imaginació+desenvolupament) / inversió

És més alt que a les ciències experimentals… ja que es pot maximitzar més cada inversió, perque juguem a reinterpretar resultats d’altres persones, que han compartit a les bases de dates per l’avanç d’un determinat camp… Crec que l’objectiu és també treure el màxim partit de les ciències experimentals més cares, moltes vegades ens trobem laboratoris utilitzant grans quantitats de diners per fer assajos massius als que després no acaba ningú de treure-li partit.

cropped-DNA-sequence-ALT-800x450.jpg

‘Frikisme extreme’

Una vegada vaig sentir d’un ponent a unes jornades que deia que un dels problemes que teníem xlxs científicxs era el nostre frikisme tecnològic, es dir, que ens apuntàvem molt prompte a les modes tecnològiques que eixien… que ara “es porta” açò dels arrays… tots a fer arrays o dir que els fas(d’altra manera, no et donen projectes tampoc), ara toca proteòmica, doncs ale! A fer gels de 2D… i així … i no dic que no ens hagem de renovar, soles que hem de formar-nos bé, o col·laborar amb laboratoris especialitzats, o acabem jugant a que fem ciència… més que a fer-la de veritat!

El que vull ressaltar, és la importància de la col·laboració, i de passar més de l’individualisme que de vegades oblidem, en aquest món… que el capitalisme científic és per a uns pocs i per la resta, és una via morta.

Si no estàs d’acord, t’agriria que compartires les teues reflexions als comentaris… en l’idioma que preferisques (per això tenim els traductors de google o el softcatalà.org)

Advertisements

‘La bombolla de la ciència’ vs Open Access

Oppen Access …i les bombolles

La ciència lliure, els resultats aconseguits amb els dinés públics a l’abast de tot el món, això significa Ciència Open Access

Podeu veure aquest documental de l’activista informàtic Aaron Swartz: “La Historia de Aaron”.

I és que, en els darrers anys, s’està generant una ideologia científica, que en realitat té poc de nova i tot a la vegada… es tracta d’una espècie de democratització de la ciència, tot i que sone populista. El progrés científic quasi sempre (excepte grans genis aïllats) s’ha sostingut en ser capaç de compartir, discutir, contextualitzar i millorar els nostres resultats i els d’altres… Doncs bé, per accedir a molts dels artícles publicats, hem d’estar enregistrats i abonats a les revistes, nosaltres com a científiques o científics, o bé les nostres institucions, biblioteques públiques etc…

Moltes vegades m’he trobat tractant d’esbrinar qué ocurria al modèl de càncer amb el que estaba treballant,  i no he pogut accedir al coneixements, pistes, dades complementàries que podrien haver-me ajudat a figurar-me una explicació o mecanisme… Simplement, perque el coneixement no és públic, o no tot. No dic que no es tinga que pagar “res de res” per res, mai… dic (i no sols jo) que el preu és abusiu, i als últims trenta anys, ha tingut una inflació del 260% imagina’t quin  negoci!  Ja que, a més, si ets l’editora/or d’una revista, no has de pagar alxs expertxs revisorxs, tradicionalment és un treball gratuït que “et toca” fer per ser expert@ a un camp de conèixement…. explicat clarament aquí: PhDcomics TV

 

Aquest modèl té els dies comptats, tot i que quasi qualsevol científicx ha somniat alguna vegada publicar al Cell, Science, Nature, New England Journal of Medicine,… perque resulta impossible mantenir un modèl capitalista científic i el progrés amb la generació de grans quantitats dades… i la cada vegada més éscasa doctació per a la investigació.

Actualment s’ha tornat quasi impossible fer ciència sòlida amb un únic cas, una única proteína o gen. Són nencesàries les Bases de Dades públiques o (accecibles almenys per a investigadorxs), per tal d’eliminar la morralla de les dades relevants. Com al projecte 100k genomes d’Anglaterra o els Bancs de mostres o biobancs que comencen a crear-se a molts hospitals espanyols. De fet, el mateix Tom Fowler nomenava avui, al Workshop de Precision Medicine l’access a les dades, i la seua problemàtica, no tot val!. Per exemple, no es poden compartir al complet historials clínics, els pero està clar que si no comencem a colaborar, a compartir informació i  a confiar… no podre

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0CAcQjRw&url=http%3A%2F%2Fwww.cronista.com%2F3dias%2F-Dejar-atras-el-cortoplacismo-para-construir-un-futuro-mejor-20131115-0014.html&ei=8NpQVPaKGZPbauq7gLgB&bvm=bv.78597519,d.d2s&psig=AFQjCNHZZxZDUcUhsN7WrlwhtP3z5nWxTg&ust=1414671424152171

m avançar en el decobriment de gens clau per a malalaties rares (poc freqüents). Queden molts assumptes ètics i ecòmics per establir, com l’access a empresses,… no vaig a ser naif, es tot un camí per construïr el de l’Open Acces… pero segur que com a mí, t’agraden els reptes!

 

El primer repte per avançar: Puntxar la gran “la bombolla de la ciència”.

Programar es un juego de niñ@s con Scratch

 

Hace como un mes, vi que había sido admtida en el máster de bioinfo … y a parte de alegría, sentí …miedo! “no sé programar! qué hago yo aquí?” (las bases de datos me preocupaban menos entonces…).

Así que me enrolé en un par de cursos de www.edx.org , una web de educación online gratuita, en la que además, puedes pagar cierta cantidad si quieres “certificados oficiales”. En concreto, me apunté al @CS50, que resultó muy divertido, el profesor principal es todo un showman y empieza por lo básico (que es justo lo que necesitaba) llevándote de la mano a un nuevo tipo de aprendizaje.

La verdad es que me está encantando,… el primer ejercicio fue crear un programa: juego, historia gráfica… con Scratch, una aplicación-web del MIT en la que crear programas resulta muy intuitivo gracias a sus fichas-puzzles de colores(creáis o no ayudan) que se adaptan y te permiten ir pensando de esta nueva forma que necesitas para resolver problemas.

Os dejo un enlace al segundo juego que creé… se trata de una aplicación que conecta con tu webcam… y no, no he metido ningún virus para grabaros y veros moviendo el murciélago (porque aún no sé cómo se hace, básicamente! ^_^ ), está un poco explicada en la web, iré mejorándola con vuestros comentarios y mientras sigo investigando funcionalidades…

Y poco más… ¡os animo a crear vuestro usuario y dar vida a  pequeños programas y juegos!

Ah! y recordad compartirlos en vuestros comentarios y así aprendemos tod@s…

porque ¡compartir es vivir!

 

Començant el Màster de Bioinformàtica a la @UV_EG

Aquest passat dilluns 6 d’Octubre he començat a estudiar oficialment Bioinformàtica a la UV!

Després d’estudiar biologia, passar 6 anys en laboratoris diversos, pense que la integració de dades ens poden ajudar a extraure més informació, conclusions i amplitud de mires als biòlegs de bata …sobre tot als que som un poc frikis!

Aniré compartint reflexions, experiències, …i altres coses a través d’aquest Blog!

 

(a la vegada que practique el meu valencià estàndar)

 

ah! també tinc twitter @laufranch