Next Generation Sequencing, una review de reviews en Nature!

Nature Biotechnology 32, 1106–1112 (2014) doi:10.1038/nbt.3027
ver mi post original en: lau.blogs.uv.es

 

No sabéis lo contenta que me he puesto esta mañana!

…al encontrar este número de Nature Reviews sobre NGS, secuenciación masiva de nueva generación y aplicaciones médicas de la bioinformática y genómica que hacen falta para todo esto!

… con títulos tan interesantes como:

Immage from nature paper supported by life technologies http://www.nature.com/nrmicro/journal/v11/n3/full/nrmicro2979.htm froml Sarah E. Smith & Rachael S. Wash
http://www.nature.com/nrmicro/journal/v11/n3/full/nrmicro2979.htm
froml Sarah E. Smith & Rachael S. Wash

 

Sherlock Genomes

Molecular genetic testing and the future of clinical genomics

Bacterial genome sequencing in the clinic: bioinformatic challenges and solutions

Next-generation sequencing in the clinic: are we ready?

 

Vamos, que es para pasarse una buena mañana de lectura, entre los últimos avances que podemos leer gratis, gracias a Life Technologies, que patrocina este número!

¡Que os aproveche!

Bioinformàtica: Ciència Low Cost?

Unes 24 després que aquesta GRAN notícia saltara a tots els mitjans de comunicació, seguim digerint què significa el titular recollit i explicat a @Materia_ciencia l’espai de ciència de @ElPais … Molt poc després de ser publicat a la revista Nature.

 

Bioinformàtica: Ciència Low Cost?

Què és la supercomputadora Mare Nostrum 48,896 processadors, 3,056 nodes y 84 Xeon Phi 5110P en 42 nodes, arquitectura de comunicació per controlar i administrar el flux d’informació de centenars d’usuaris amb milers de consultes a la vetada a la mateixa informació: com comparar parts de diferents genomes repartits en centenars de discs durs a la vegada… i fer tot açò de la manera més eficaç! : això és una supercomputadora!

Fins ara pensava que la bioinformàtica era una ciència lowcost, ara, després de veure la MareNostrum… sí potser amb el que gastem els biòlegs de bata en enzims, materials de cultiu etc es podrien comprar i mantenir supercomputadores espectaculars…Es tracta de compensar anàlisi i generació de dades… no anem ara a passar tot el món a in silico!

Però es poden encomanar servidors amb unes poques desenes de milers d’euros…

El que vull dir és que potser a la bioinformàtica es pose de manifest que el balanç d’aquesta particular “I+D+I”, que és determinant moltes vegades…

“I+D+I” = ( imaginació+desenvolupament) / inversió

És més alt que a les ciències experimentals… ja que es pot maximitzar més cada inversió, perque juguem a reinterpretar resultats d’altres persones, que han compartit a les bases de dates per l’avanç d’un determinat camp… Crec que l’objectiu és també treure el màxim partit de les ciències experimentals més cares, moltes vegades ens trobem laboratoris utilitzant grans quantitats de diners per fer assajos massius als que després no acaba ningú de treure-li partit.

cropped-DNA-sequence-ALT-800x450.jpg

‘Frikisme extreme’

Una vegada vaig sentir d’un ponent a unes jornades que deia que un dels problemes que teníem xlxs científicxs era el nostre frikisme tecnològic, es dir, que ens apuntàvem molt prompte a les modes tecnològiques que eixien… que ara “es porta” açò dels arrays… tots a fer arrays o dir que els fas(d’altra manera, no et donen projectes tampoc), ara toca proteòmica, doncs ale! A fer gels de 2D… i així … i no dic que no ens hagem de renovar, soles que hem de formar-nos bé, o col·laborar amb laboratoris especialitzats, o acabem jugant a que fem ciència… més que a fer-la de veritat!

El que vull ressaltar, és la importància de la col·laboració, i de passar més de l’individualisme que de vegades oblidem, en aquest món… que el capitalisme científic és per a uns pocs i per la resta, és una via morta.

Si no estàs d’acord, t’agriria que compartires les teues reflexions als comentaris… en l’idioma que preferisques (per això tenim els traductors de google o el softcatalà.org)